NAROジーンバンクとナショナルバイオリソースプロジェクトのデータ連携による遺伝資源の横断検索システム(PGR-Gateway) ―遺伝資源への効率的なアクセスの実現に向けて―

Press Release

プレスリリース資料

農研機構と国立遺伝学研究所、京都大学は、NAROジーンバンクとナショナルバイオリソースプロジェクトで保存している植物の遺伝資源のうち、イネとコムギの遺伝資源につ いて横断的に検索できるシステム(PGR-Gateway)を開発し、2019年1月に公開しました。  

遺伝資源は、農産物や医薬品などとして活用する直接的な価値と、地球環境保護に利用する間接的な価値を持つ、将来の人類にとって貴重な財産です。いくつかの国立研究開発法人や公設試験場、大学等では、植物種子などの遺伝資源を収集・保存し、遺伝資源の配布や遺伝資源情報の提供を行っています。遺伝資源の利用者にとって、どこの保存機関がどのような遺伝資源を保存しているかという情報は重要であり、効率的に遺伝資源を探すことができる環境の整備が求められています。

今回、国内の代表的植物遺伝資源保存事業である農業生物資源ジーンバンク(略称NAROジーンバンク)事業とナショナルバイオリソースプロジェクト(略称NBRP)は、双方が保存するイネとコムギ遺伝資源のデータ(合計でイネ2万7千点、コムギ2万9千点)を横断的に検索できるシステム(PGR-Gateway)を開発し、2019年1月7日に公開しました。

NAROジーンバンクは農学研究の立場から将来の品種改良用の素材として国内外の在来品種や育成品種を中心とした遺伝資源を、NBRPはライフサイエンス研究の立場から野生種や実験系統も含めた幅広い遺伝資源を保存しています。これまでは個別にデータベースを作成し、遺伝資源の情報を公開していました。PGR-Gatewayの公開により、我が国のイネとコムギの植物遺伝資源検索のワンストップ化が実現し、遺伝資源情報により効率的にアクセスできるようになりました。

今後は、PGR-Gatewayに他機関が保有するイネ・コムギ遺伝資源情報を追加したり、対象作物を追加することにより、食料・農業関連の遺伝資源検索の更なるワンストップ化を進めていく予定です。

国立遺伝学研究所の貢献
生物遺伝資源センターバイオリソース部門(植物遺伝研究室)およびバイオリソース情報部門(系統情報研究室)は、イネの総合データベース・Oryzabaseから野生イネを含む系統情報の提供、並びに、NBRPリソース総合検索APIを提供しました。

植物遺伝資源の横断検索システム(PGR-Gateway)へのリンク
・NAROジーンバンクから
https://www.gene.affrc.go.jp/?db_pl_xs
・NBRPから
https://resourcedb.nbrp.jp/

Figure1

図1:NAROジーンバンクからの統合データベース(PGR-Gateway)の横断検索結果
横断検索画面の機関「SHIGEN」はNBRPとして国立遺伝学研究所に、「NARO」はNAROジーンバンクに保存されていることを示します。
(URL)https://www.gene.affrc.go.jp/?db_pl_xs

Figure1

図2:NBRPからの統合データベース(PGR-Gateway)の横断検索結果
検索結果表示画面の機関「SHIGEN」はNBRPとして国立遺伝学研究所に保存されていることを示します。
(URL)https://resourcedb.nbrp.jp/


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