遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」を開発

Press Release

RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes

Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H

Scientific Data, 4:170105 DOI:10.1038/sdata.2017.105

DBCLSニュース

現在、生命科学分野においては誰でも利用可能なデータが公共データベースとして多数存在しているものの、実際にそれらを自らの研究に利用しようとしたときに、どれを使ったらよいか分からないといった問題があります。とくに遺伝子発現データは、DNAマイクロアレイの発明によってゲノム規模の測定が可能となってから、さまざまな研究グループによって異なる測定手法を用いて産生されたデータが指数関数的に蓄積していました。大量の遺伝子発現データの中から、まずどれを選び、調べればよいのかの指針になりうる代表的な遺伝子発現量データセットあるいはリファレンス(参照)データが必要とされている状況でした。 

このたび、情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の小野 浩雅 特任助教、坊農 秀雅 特任准教授、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の小笠原 理 特任准教授、大久保 公策 教授の研究グループは、 遺伝子発現解析の基準となる各遺伝子の遺伝子発現量を簡単に検索、閲覧できるウェブツール「RefEx」(http://refex.dbcls.jp)を開発しました。複数の遺伝子発現計測手法によって得られた哺乳類の正常組織、細胞等における遺伝子発現データを収集し並列に表現することによって、各組織における遺伝子発現状況を計測手法間の差異とともに直感的に比較できることが特長です。RefExを用いることで、生命現象の解明や医薬品の開発等につながる研究成果の解釈などが容易になり、生命科学研究の進展に大いに寄与することが期待されます。

本研究は、国立遺伝学研究所が有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。

本成果は8月30日(英国時間)に英国オンライン・ジャーナル Scientific Data に掲載されました。

発表論文の日本語レビュー (First Author’s by DBCLS)

FANTOM5データを誰でも活用できる形に (Nature Japan著者インタビュー, フリーアクセス)

Figure1

図 遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索可能なウェブツール「RefEx」


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