大久保研究室・遺伝子発現解析研究室

生命科学を機械に扱いやすく人に解りやすくする技術の開発

教員



Research Summary

生命科学の知識は二つのステップで作られます。ステップA:記述やデータに現象をキャプチャして保存交換する。ステップB:キャプチャされた現象の集合をドグマや関係式のセットの形で圧縮近似して利用可能にする。

現在ステップBはAに対し圧倒的に劣勢です。Aに比べBはより高度なインテリジェンスを要すので、機械的支援が行われていない為だと思われます。この不均衡は学問の効率的な進展の為にも知識の広い利用の為にも是正しなければなりません。当室ではBの為の技術を開発しています。

Anatomographyサービス構成(A) 利用例(B).
医学現象は身体を場とします。情報整理5特徴(場所、時間、文字、内容分類、値の大小)のうち医学に欠けていた場所による整理を可能にするために現在も技術開発中のAnatomographyサービスは統合データベースセンターで実装開発され2007年から公開されています。

Selected Publications

Fujieda K, Okubo K. A reusable anatomically segmented digital mannequin for public health communication. J Vis Commun Med. 2016 Jan-Jun;39(1-2):18-26.

Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H. RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes. Sci Data. 2017 Aug 29;4:170105.

Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K. BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D782-5.

Okubo K, Tamura T. System and computer software program for visibly processing an observed information’s relationship with knowledge accumulations. 2011 US patent 20050203889


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