比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解

教員

Research Summary

当研究室では、ヒトを含む霊長類、生命科学研究において重要な生物種、極限環境に棲息する生物、マイクロバイオーム、環境サンプル、微生物など、多様な生物を対象に全ゲノムシーケンスを行い、染色体レベルのゲノム配列や完成配列を構築しています。また、これらのデータをもとに比較ゲノム解析を行うことにより生命現象の原理を解明することを目指しています。さらに、先端ゲノミクス推進センターと密接に連携し、最先端のゲノム解読技術を活用した研究を推進するとともに、国内外の研究機関との共同研究も積極的に実施しています。

Selected Publications

Tsukahara S, Bousios A, Perez-Roman E, Yamaguchi S, Leduque B, Nakano A, Naish M, Osakabe A, Toyoda A, Ito H, Edera A, Tominaga S, Juliarni, Kato K, Oda S, Inagaki S, Lorković Z, Nagaki K, Berger F, Kawabe A, Quadrana L, Henderson I, Kakutani T. Centrophilic retrotransposon integration via CENH3 chromatin in Arabidopsis. Nature. 2025 Jan;637(8046):744-748.

Tanaka H, Hori T, Yamamoto S, Toyoda A, Yano K, Yamane K, Itoh T. Haplotyperesolved chromosomal-level assembly of wasabi (Eutrema japonicum) genome. Sci Data. 2023 Jul 11;10(1):441.

Terao M, Ogawa Y, Takada S, Kajitani R, Okuno M, Mochimaru Y, Matsuoka K, Itoh T, Toyoda A, Kono T, Jogahara T, Mizushima S, Kuroiwa A. Turnover of mammal sex chromosomes in the Sry-deficient Amami spiny rat is due to male-specific upregulation of Sox9. Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Dec 6;119(49):e2211574119.

Rai A, Hirakawa H, Nakabayashi R, Kikuchi S, Hayashi K, Rai M, Tsugawa H, Nakaya T, Mori T, Nagasaki H, Fukushi R, Kusuya Y, Takahashi H, Uchiyama H, Toyoda A, Hikosaka S, Goto E, Saito K, Yamazaki M. Chromosome-level genome assembly of Ophiorrhiza pumila reveals the evolution of camptothecin biosynthesis. Nat Commun. 2021 Jan 15;12(1):405.