中村研究室・大量遺伝情報研究室

生物研究の基盤データベースとしてのDDBJ事業の推進

教員




Research Summary

高速シークエンサの技術革新と共に、塩基配列のデータベース は大規模化が進んでいます。このことによりデータ処理が難しくなり、配列注釈不足や特徴情報の記載誤りも問題となっています。中村研究室は、日本DNAデータバンク(DDBJ)業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取り組みます。特に、①次世代シークエンサ(NGS)の大量データ配列解析、 ②クラウド型データ解析システム構築、③ゲノム配列注釈の評価尺度研究を中心に、ゲノム配列のアノテーション・キュレーション処理の効率化を目指します。

NGS自動配列解析システム「DDBJ Read Annotation Pipeline」の reference mappingのツール選択画面

Publications

Kodama, Y., Mashima, J., Kosuge, T., Kaminuma, E., Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T. (2018). DNA Data Bank of Japan: 30th anniversary. Nucleic Acids Res 46, D30-D35.

Shimizu, T., Tanizawa, Y., Mochizuki, T., Nagasaki, H., Yoshioka, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Kaminuma, E., and Nakamura, Y. (2017). Draft sequencing of the heterozygous diploid genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) using a hybrid assembly approach. Front Genet 8, 180.

Tanizawa, Y., Fujisawa, T., and Nakamura, Y. (2017). DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication. Bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformatics/btx713.


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