池尾研究室・遺伝情報分析研究室

ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

教員



Research Summary

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や菌類、細菌類を材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を行っています。 特に(1)感覚器の進化に伴う遺伝子の分子進化解析、(2) 菌類の隔壁進化、(3)メタゲノム解析を用いた微生物の多様性と環境ダイナミクスの解明、(4)ミトコンドリア及び核DNAに基づく分子系統解析、(5)データ解析による疾患原因遺伝子の探索と疾患モデルの構築、(6)情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注いで研究を行っております。

刺胞動物のオプシン系統解析。刺胞動物の持つオプシンは、大きく3つのグループに分かれ、且つそれぞれの系統内で独自に進化してきたことが分かった。

Publications

Kinjo, S., Kiyomoto, M., Yamamoto, T., Ikeo, K., and Yaguchi, S. HpBase: a genome database of a sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus. Development, Growth & Differentiation. in press.

Hashimoto, S., Tabuchi, Y., Yurino, H., Hirohashi, Y., Deshimaru, S., Asano, T., Mariya, T., Oshima, K., Takamura, Y., Ukita, Y., Ametani, A., Kondo, N., Monma, N., Takeda, T., Misu, S., Okayama, T., Ikeo, K., Saito, T., Kaneko, S., Suzuki, Y., Hattori, M., Matsushima, K., and Torigoe, T. (2017). Comprehensive single-cell transcriptome analysis reveals heterogeneity in endometrioid adenocarcinoma tissues. Sci Rep 7, 14225.

Gojobori, T., Ikeo, K., Katayama, Y., Kawabata, T., Kinjo, A.R., Kinoshita, K., Kwon, Y., Migita, O., Mizutani, H., Muraoka, M., Nagata, K., Omori, S., Sugawara, H., Yamada, D., and Yura, K. (2016). VaProS: a database-integration approach for protein/genome information retrieval. J Struct Funct Genomics 17, 69-81.


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