中村 保一 教授(なかむら やすかず)

情報科学がバイオ研究を変えていく

ゲノムのデータベース構築をより効率的
「次世代シークエンサー」は、高速で簡単に様々な生物のゲノムを解析できる画期的な機器。急速に普及し、生物学の研究現場を変えつつある。しかし、大問題になっているのが「データの爆発」。1回の解析で約600ギガもの塩基配列のデータが出てくる。この大量のデータを処理して活かすためのシステムづくりと人材育成が急務となっている。
中村教授は、国内の研究者から送られてくるゲノムデータを査定して、データベースに登録し公開する「日本DNAデータバンク(DDBJ)」の登録部門の責任者を務め、より効率よく登録できるサービスや、問題のあるデータを「集合知」を使って見つけるしくみなどを開発。ユニークで有効な取り組みとして注目されている。
やってみたら面白かった情報科学
中村教授は遺伝研で博士過程を中退し、かずさDNA研究所(千葉県)へ就職。そこで本格的にデータベースの仕事に取り組んだ。情報科学に出会ったきっかけは何だったのだろう?
「遺伝研の博士課程に進んだとき、最初はヒトゲノムの中で大きく塩基組成が変わるところを探すという実験をやりました。実験には待ち時間があるので、その間に計算機をいじくっていて、だんだんそっちの時間が長くなってきて(笑)。先生は『実験してくれ』って言うんですが、まあまあ聞きながらほとんど計算機をやってた。最初は実験がうまくいかないから計算機をいじってたんですが、やってみたら自分に合うし、結果も出るし、面白かったんです。自分が書いたコードがうまく行くと、計算機の中では自分が『神』になったという感じです。
当時、僕の教授の部屋に非常に高価ないいワークステーションがあったんですよ。で、先生が来られる前、朝の4時か5時くらいに来て、教授室に入って、ハックして、自由に使って、先生が来る頃には何でもない顔で実験して、みたいなことをずっとやって。 先生の言う事を聞くのも大事なんですが、その隙をついて、自分のやりたい事をやるのも大事ですね。」
情報科学ができないと世界について行けない
情報科学が分かると、生物の研究が非常に進む時代になっている、と中村教授は言う。「例えば、クローニングができない遺伝子〜大腸菌に入れると大腸菌が死んじゃうみたいなものは、シークエンサーでミュータントのゲノムを直接読んでしまえば、何が書かれているかすぐ分かる。シークエンスが分かってくると、クローニングするより早くできちゃう。
遺伝研の年間予算の3分の1はスーパーコンピュータのレンタル料です。実験をやっている人は『なんでそんなに?』と思うかもしれないけど、もはやそういう時代。生物学と情報科学ができないと世界のスピードについて行けないと思いますね。そういう事ができる基盤整備をやりたいです。」
もっと気楽に、壁を越えよう!
「バイオインフォマティシャン(生物情報科学の技術者・研究者)を育てて行こうという思いはあります。書籍を書いたりウェブサイト作ったり、講演会は声がかかれば必ず行きます。が、なかなか・・・。
教育機関が圧倒的に少ないということと、分野の壁を越える勇気・・勇気じゃないですね、もっと気楽に壁を越えてくる人が少ない。僕も元々実験やっていたのでその気持ちも分からんではないですが、いろいろ手を出してみるというのを若い人にやってほしいですね。
頭もいいし実験もうまいという人はいっぱいいる。だけど、実験もできて情報もできるっていう人は少ない。両方できるっていうのは圧倒的に有利だと思います。」
11月の公開講演会では、中村教授が開発した、誰もが簡単に使えるデータ解析のしくみや、ソーシャルブックマークを使った「怪しいゲノムデータ」発見の方法など、データベース構築についての刺激的なお話が聞ける。ぜひ足を運んでもらいたい。
(田村佳子 インタビュー 2012年)


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