遺伝学コースのカリキュラムの目的は、自立的で創造性に富み、世界的に活躍できる研究者を養成することである。学位授与方針で要求される能力が全て身につくように教育科目を以下のように編成している。

【教育課程編成の方針】

1. 高度な研究能力

幅広い分野で最先端の研究をおこなう教員が研究指導や科目を担当する。主任指導教員によるメンタリングを「先端学術院特別研究I-V」で、各学生のために組織されるプログレス委員会からの指導助言を「遺伝学プログレスI-V」で受ける。

2. 分野を俯瞰する幅広い知識

生命科学（遺伝学）の基礎知識は「分子細胞生物学1,2」、「進化ゲノム生物学」、「遺伝学」で提供する。これらは連続して２年間ですべてを修了できるように設計されている。遺伝学の全体像を知るためにも履修すること。選択科目としては、コース横断的な科目群を遠隔講義システムで受講できる。履修届を出してなくても自由に聴講できるので、興味ある講義にできるかぎり参加し、分野を超えた幅広い知識を身につけること。

3. 科学を英語で理解・議論・表現する能力

「遺伝学科学英語口頭演習1」や「遺伝学英語筆記表現演習」などの体験型講義で、研究成果を効果的に伝える能力を養う。科学英語セミナーを理解する力を「遺伝学科学英語口頭演習2」で鍛え、議論を中心に進める授業である「発生生物学1,2」で議論する力を高める。

4. 研究の将来を展望する豊かな構想力

論文紹介セミナーである「遺伝学論文演習I-V」と、「遺伝学セミナーI-V」を通して、実際に国内外で行われている最先端の研究にたくさんふれて、研究者として考える力を養成する。

5. 研究者としての高い倫理性

主任指導教員による研究指導を通じて研究倫理について実践的に学ぶと共に、毎年行われる研究倫理講習を必ず受講する。

【教育・学習方法に関する方針】

修了時に学位取得要件を満たせるようにバランス良く計画的に履修すること。「先端学術院特別研究I-V」「遺伝学プログレスI-V」「遺伝学論文演習I-V」の３科目は研究者としての能力をつけるために不可欠なので、全課程を通して毎学期必ず履修する。遺伝学コース生として必ず知っておくべき内容は履修推奨科目「分子細胞生物学1,2」「進化ゲノム生物学」「遺伝学」「発生生物学1,2」で提供する。５年一貫制博士課程学生は２年次までにこれらの科目を全て履修することが望ましい。なお博士号学位取得のためには、５年一貫制博士課程学生は「先端学術院特別研究ⅠA～VB」２０単位を含む４２単位以上を、博士後期課程学生は「先端学術院特別研究ⅢA～VB」１２単位を含む１６単位以上を修得しておく必要がある。各科目の履修にあたっては、あらかじめシラバスをよく読んで、学習目標や学習方法について理解しておくこと。

【学習成果の評価の方針】

科目レベルでの評価については、各科目のシラバスに規定する様々な観点から「A,B,C,D」で成績を判定する。各学生の研究能力を最も直接的かつ客観的に評価することになる「遺伝学プログレスI-V」では、主任指導教員以外のプログレス教員が、通常の「A,B,C,D」評価に加えて書面による報告書を作成して客観的評価をおこない、その報告を当該学生と全教員との間で共有する。
教育課程レベルでの評価としては、５年一貫制博士課程学生が２年次から３年次に進級する際に「進級資格審査」を行う。審査は「遺伝学プログレスIIB」として行い、提出された研究レポートと、公開口頭発表、質疑応答を基に、生命科学（遺伝学）における学識の深さと、自立した研究者として育ってゆけるかどうかについて、主任指導教員以外の４名のプログレス教員が審査する。不合格となった場合は、再度「遺伝学プログレスIIB」を履修することになる。