大量遺伝情報研究室・中村研究室

生物研究の基盤データベースとしてのDDBJ事業の推進

教員




Research Summary

高速シークエンサの技術革新と共に、塩基配列のデータベースは大規模化が進んでいます。これよりデータ処理が難しくなり、配列注釈不足や特徴情報 の記載誤りも問題となっています。中村研究室は、日本DNAデータバンク (DDBJ) 業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取組みます。 特に、①次世代シークエンサ(NGS)の大量データ配列解析、②クラウド型データ解析システム構築、③ゲノム配列注釈の評価尺度研究を中心に、ゲノム配列のアノテーション・キュレーション処理の効率化を目指します。

NGS 自動配列解析システム「DDBJ Read Annotation Pipeline」のreference mappingのツール選択画面

Publications

Mashima, J., Kodama, Y., Fujisawa, T., Katayama, T., Okuda Y, Kaminuma, E., Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T. (2017). DNA Data Bank of Japan. Nucleic Acids Res 45, D25-D31.

Shimizu, T., Kitajima, A., Nonaka, K., Yoshioka, T., Ohta, S., Goto, S., Toyoda, A., Fujiyama, A., Kaminuma, E., and Nakamura, Y. (2016). Hybrid origins of citrus varieties inferred from DNA marker analysis of nuclear and organelle genomes. PLoS One 11, e0166969.

Fujisawa, T., Narikawa, R., Maeda, S.I., Watanabe, S., Kanesaki, Y., Kobayashi, K., Nomata, J., Hanaoka, M., Watanabe, M., Ehira, S., Suzuki, E., Awai, K., and Nakamura, Y. (2017). CyanoBase: a large-scale update on its 20th anniversary. Nucleic Acids Res 45, D551-D554.