ゲノム進化研究室・黒川研究室

微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

教員




Research Summary

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。

Publications

Hori, K., Maruyama, F., Fujisawa, T., Togashi, T., Yamamoto, N., Seo, M., Sato, S., Yamada, T., Mori, H., Tajima, N., Moriyama, T., Ikeuchi, M., Watanabe, M., Wada, H., Kobayashi, K., Saito, M., Masuda, T., Sasaki-Sekimoto, Y., Mashiguchi, K., Awai, K., Shimojima, M., Masuda, S., Iwai, M., Nobusawa, T., Narise, T., Kondo, S., Saito, H1., Sato, R., Murakawa, M., Ihara, Y., Oshima-Yamada, Y., Ohtaka, K., Satoh, M., Sonobe, K., Ishii, M., Ohtani, R., Kanamori-Sato, M., Honoki, R., Miyazaki, D., Mochizuki, H., Umetsu, J., Higashi, K., Shibata, D., Kamiya, Y., Sato, N., Nakamura, Y., Tabata, S., Ida, S., Kurokawa, K., and Ohta, H. (2014). Klebsormidium flaccidum genome reveals primary factors for plant terrestrial adaptation. Nat Commun. 28, 3978.

Kato, H., Mori, H., Maruyama, F., Toyoda, A., Oshima, K., Endo, R., Fuchu, G., Miyakoshi, M., Dozono, A., Ohtsubo, Y., Nagata, Y., Hattori, M., Fujiyama, A., Kurokawa, K., and Tsuda, M. (2015). Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance. DNA Res. 22, 413-424.

Higashi, K., Tobe, T., Kanai, A., Uyar, E., Ishikawa, S., Suzuki, Y., Ogasawara, N., Kurokawa, K., and Oshima T. (2016). H-NS Facilitates Sequence Diversification of Horizontally Transferred DNAs during Their Integration in Host Chromosomes. PLoS Genet. 20, e1005796.