黒川研究室・ゲノム進化研究室

微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

教員




Research Summary

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。また、化石の骨などからDNAを抽出し、古代生物のゲノムを復元することで、進化の謎に迫る研究も行っています。

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。

Publications

Yonezawa T, Segawa T, Mori H, Campos PF, Hongoh Y, Endo H, Akiyoshi A, Kohno N, Nishida S, Wu J, Jin H, Adachi J, Kishino H, Kurokawa K, Nogi Y, Tanabe H, Mukoyama H, Yoshida K, Rasoamiaramanana A, Yamagishi S, Hayashi Y, Yoshida A, Koike H, Akishinonomiya F, Willerslev E, Hasegawa M. Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites. Curr Biol. 2017 Jan 9;27(1):68-77.

Mori H, Maruyama T, Yano M, Yamada T, Kurokawa K. VITCOMIC2: visualization tool for the phylogenetic composition of microbial communities based on 16S Selected Publications rRNA gene amplicons and metagenomic shotgun sequencing. BMC Syst Biol. 2018 Mar 19;12(Suppl 2):30.

Higashi K, Suzuki S, Kurosawa S, Mori H, Kurokawa K. Latent environment allocation of microbial community data. PLoS Comput Biol. 2018 Jun 6;14(6):e1006143.

Segawa T, Matsuzaki R, Takeuchi N, Akiyoshi A, Navarro F, Sugiyama S, Yonezawa T, Mori H. Bipolar dispersal of red-snow algae. Nat Commun. 2018 Aug 6;9(1):3094.


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