微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

教員

Research Summary

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。

研究活動の紹介動画

Selected Publications

Higashi K, Suzuki S, Kurosawa S, Mori H, Kurokawa K. Latent environment allocation of microbial community data. PLoS Comput Biol. 2018 Jun 6;14(6):e1006143.

Mori H, Ishikawa H, Higashi K, Kato Y, Ebisuzaki T, Kurokawa K. PZLAST: an ultrafast amino acid sequence similarity search server against public metagenomes. Bioinformatics. 2021 Jul 7;37(21):3944–3946.

Kurokawa M, Higashi K, Yoshida K, Sato T, Maruyama S, Mori H, Kurokawa K. Metagenomic Thermometer. DNA Res. 2023 Dec 1;30(6):dsad024.

Warashina T, Sato A, Hinai H, Shaikhutdinov N, Shagimardanova E, Mori H, Tamaki S, Saito M, Sanada Y, Sasaki Y, Shimada K, Dotsuta Y, Kitagaki T, Maruyama S, Gusev O, Narumi I, Kurokawa K, Morita T, Ebisuzaki T, Nishimura A, Koma Y, Kanai A. Microbiome analysis of the restricted bacteria in radioactive elementcontaining water at the Fukushima Daiichi Nuclear Power Station. Appl Environ Microbiol. 2024 Apr 17;90(4):e0211323.