生命ネットワーク研究室
有田研究室
ネットワークから明らかにする生命
教員
Research Summary
1. 代謝ネットワークに関する研究
酵素は化合物の構造を組替えて代謝のネットワークを構成します。このネットワーク構造を原子単位で解析する研究をおこなっています。細胞内の代謝産物の総体を扱う分野はメタボロミクスと呼ばれ、ゲノミクス、プロテオミクスに続く第3のオミクスです。分野を支える基盤技術として、マススペクトルのデータベースや、マススペクトルの検索技法の開発もおこなっています。
2. 植物二次代謝物のウェブポータル
植物には我々の生活を彩る様々な成分が含まれています。こうした代謝物は総じてファイトケミカルと呼ばれ、フラボノイドやビタミン、植物ステロール、多糖類などが含まれます。ファイトケミカルに関する情報を集積して知識を社会へ還元するために、ウィキ形式のリポジトリを作成しています。一般にウェブポータルまたはサイバーインフラストラクチャーと呼ばれるシステムに近いです。いずれは様々な化合物の生合成経路の解析につなげたいと考えています。
出版物
- Maryenti T, Koshimizu S, Onda N, Ishii T, Yano K, Okamoto T. Wheat Cybrid Plants, OryzaWheat, Regenerated from Wheat-Rice Hybrid Zygotes via in Vitro Fertilization System Possess Wheat-Rice Hybrid Mitochondria. Plant Cell Physiol. 2024 Sep 3;65(8):1344-1357.
- Arita M, Pulverer B, Uemura T, Sakuma C, Hayashi S. Publishing in the Open Access and Open Science era. Genes Cells. 2024 Apr;29(4):275-281.
- Moseley HNB, Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Schymanski EL. InChI isotopologue and isotopomer specifications. J Cheminform. 2024 May 14;16(1):54.