沿革

1949年6月1日文部省所轄研究所として設置
庶務部及び3研究部で発足
8月10日小熊　捍　初代所長就任
1953年1月1日研究部を形質遺伝部、細胞遺伝部、生理遺伝部に改組
8月1日生化学遺伝部設置
1954年7月1日応用遺伝部設置
1955年9月15日変異遺伝部設置
10月1日木原　均　第2代所長就任
1960年4月30日人類遺伝部設置
1962年4月1日微生物遺伝部設置
1964年4月1日集団遺伝部設置
1969年4月1日森脇大五郎　第3代所長就任、分子遺伝部設置
1974年4月1日植物保存研究室設置
1975年3月1日田島彌太郎　第4代所長就任
10月1日遺伝実験生物保存研究施設動物保存研究室設置
1976年10月1日遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置
1983年10月1日松永　英　第5代所長就任
1984年4月12日大学共同利用機関に改組　遺伝実験生物保存研究センター（哺乳動物保存・無脊椎動物保存・植物保存・微生物保存・遺伝資源の5研究室）、遺伝情報研究センター（構造・組換えの2研究室）、実験圃場設置
1985年4月1日遺伝情報研究センターに合成・遺伝情報分析の2研究室を設置
1987年1月12日日本DNAデータバンク稼働
1988年4月8日放射線・アイソトープセンター設置、遺伝情報研究センターにライブラリー研究室を設置
10月1日総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻設置
1989年10月1日富澤純一　第6代所長就任
1993年4月1日遺伝実験生物保存研究センターに発生工学研究室を設置
1994年6月24日遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室を設置
1995年4月1日生命情報研究センター設置
1996年5月11日構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置、超分子機能・構造制御・超分子構造・遺伝子回路の4研究室振替）
1997年4月1日系統生物研究センター設置
（遺伝実験生物保存研究センターの改組）
（マウス系統研究分野哺乳動物遺伝研究室・発生工学研究室、イネ系統研究分野植物遺伝研究室、大腸菌系統研究分野原核生物遺伝研究室、無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の5研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統情報研究室振替、生物遺伝資源情報研究室設置）
10月1日堀田凱樹　第7代所長就任
1998年4月9日個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置、総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置
2001年4月1日生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情報研究センターの改組）（分子分類研究室振替、データベース運用開発研究室設置、遺伝子発現解析研究室設置）
2002年4月1日系統生物研究センターに遺伝子改変系統開発研究分野マウス開発研究室、小型魚類開発研究室を設置
2003年4月1日分子遺伝研究系に分子機構研究室、系統生物研究センターに新分野創造研究室、生物遺伝資源情報総合センターに比較ゲノム解析研究室、広報知財権研究室を設置
2004年4月1日大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立遺伝学研究所設置
12月1日小原雄治　第8代所長就任
2005年4月1日知的財産室を設置（2018年4月1日付産学連携・知的財産室に改称）
2006年4月1日新分野創造センター設置
（細胞系譜研究室、神経形態研究室、細胞建築研究室設置）
2011年10月1日先端ゲノミクス推進センター設置
2012年4月1日研究センターの改組、共同利用事業センター（生物遺伝資源センター、DDBJセンター）、支援センター（情報基盤ユニット、マウス研究支援ユニット）を設置
12月1日桂　勲　第9代所長就任
2014年4月1日リサーチ・アドミニストレーター室を設置
2015年4月1日動物飼育実験施設を設置、女性研究者活動支援室を設置（2024年7月1日付ダイバーシティ・インクルージョン推進室に改称）
2018年12月1日花岡文雄　第10代所長就任
2019年1月1日既存の5研究系、3研究センター（系統生物研究センター、構造遺伝学研究センター、生命情報研究センター）、実験圃場、放射線・RIセンターを廃止、新たに4つの研究系（情報研究系、ゲノム・進化研究系、遺伝形質研究系、遺伝メカニズム研究系）を設置、共同利用事業センターであるDDBJセンターを生命情報・DDBJセンターに名称変更、支援センターの改組（放射線・アイソトープユニットの設置等）
2023年2月1日フェノタイプ研究推進センターを設置
2024年7月1日リサーチ＆イノベーション・ブリッジセンターを設置（ABS支援室、広報室設置、産学連携・知的財産室、リサーチ・アドミニストレーター室振替）
12月1日近藤　滋　第11代所長就任