中村研究室・大量遺伝情報研究室

大規模ゲノム塩基配列解析の高度化とDDBJ事業の推進

教員

中村 保一

教授

 

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谷澤 靖洋

助教

 

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Research Summary

高速シークエンサの技術革新と共に、生物学者が大量の塩基配列データを得ることが可能になってきています。そのような大量の塩基配列データがうまく再利用されるためには、参照データとして高品質な塩基配列のアノテーションと使いやすいデータベースの提供が不可欠です。信頼性の高い配列解析を実現するために、高速かつ可能な限り正確な結果を提供する自動化注釈システムを提供することも重要になります。

中村研究室は日本DNAデータバンク(DDBJ)の業務を担当する研究室として、高度なゲノム情報解析とそのデータベース化や、アノテーションの質の向上に取り組んでいます。DFASTは原核生物の自動注釈システムであり、DDBJへの高速かつ正確なデータ登録を支援します。また、苔類ゼニゴケMarchantia polymorpha、ウンシュウミカンCitrus unshu、イエネコFelis catus のような進化研究上、産業上あるいは医療上重要な生物種の高精度な解析を共同研究により実施し、そのゲノム情報を提供しています。

(A)DFAST:DDBJ Fast Annotation and Submission Tool
(B)MarpolBase:ゼニゴケ(Marchantia polymorpha)ゲノム情報データベース

研究活動の紹介動画

Selected Publications

Tanizawa Y, Fujisawa T, Kodama Y, Kosuge T, Mashima J, Tanjo T, Nakamura Y. DNA Data Bank of Japan (DDBJ) update report 2022. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D101-D105.

Kawamura S, Romani F, Yagura M, Mochizuki T, Sakamoto M, Yamaoka S, Nishihama R, Nakamura Y, Yamato KT, Bowman JL, Kohchi T, Tanizawa Y. MarpolBase Expression: A Web-Based, Comprehensive Platform for Visualization and Analysis of Transcriptomes in the Liverwort Marchantia polymorpha. Plant Cell Physiol. 2022 Nov 22;63(11):1745-1755.

Tamura K, Sakamoto M, Tanizawa Y, Mochizuki T, Matsushita S, Kato Y, Ishikawa T, Okuhara K, Nakamura Y, Bono H. A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan. DNA Res. 2023 Feb 1;30(1):dsac044.

Kamikawa R, Mochizuki T, Sakamoto M, Tanizawa Y, Nakayama T, Onuma R, Cenci U, Moog D, Speak S, Sarkozi K, Toseland A, van Oosterhout C, Oyama K, Kato M, Kume K, Kayama M, Azuma T, Ishii KI, Miyashita H, Henrissat B, Lombard V, Win J, Kamoun S, Kashiyama Y, Mayama S, Miyagishima SY, Tanifuji G, Mock T, Nakamura Y. Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida. Sci Adv. 2022 Apr 29;8(17):eabi5075.


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