国立遺伝学研究所<研究・組織>

HOME > 研究・組織 > 大量遺伝情報研究室・中村研究室

大量遺伝情報研究室・中村研究室

生物研究の基盤データベースとしてのDDBJ事業の推進

教　授 中村　保一 yanakamu
助　教 神沼　英里 ekaminum

研究室URL : http://charles.genes.nig.ac.jp/

　高速かつ大量に決定される塩基配列情報は、生物学のあらゆる分野で活用される情報基盤です。しかし情報の爆発的な大容量化により、データベースからの実験生物学者への情報提供は難しくなり、配列注釈不足や特徴情報の記載誤りも問題となっています。中村研究室は、日本DNAデータバンク（DDBJ）業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取組みます。

● 次世代シークエンサ（NGS）の大量データ配列解析： 大量配列データの効率的処理を目的としたNGS 配列解析手法の研究。遺伝研の計算機資源を利用したNGS 自動配列解析システム「DDBJ Read Annotation Pipeline」を構築中。
● クラウド型データ解析・登録支援システム： 実験生物学者がデータをDDBJ にアップロードすると、配列解析や登録を自動処理するクラウド型解析システムの構築。
● ゲノム配列注釈の評価尺度研究： ゲノム配列の構造・機能の注釈データの統計的評価手法を確立する事で、アノテーション・キュレーション処理の効率化を目指す。

NGS 自動配列解析システム「DDBJ Read Annotation Pipeline」のreference mapping のツール選択画面

Cochrane, G., Karsch-Mizrachi, I., and Nakamura, Y.; On behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration. (2011). The International Nucleotide Sequence Database Collaboration. Nucleic Acids Res 39 (Database issue), D15-8.

Kaminuma, E., Kosuge, T., Kodama, Y., Aono, H., Mashima, J., Gojobori, T., Sugawara, H., Ogasawara, O., Takagi, T., Okubo, K., and Nakamura, Y. (2010). DDBJ progress report. Nucleic Acids Res. 39 (Database issue), D22-7.

Inagaki, S., Miura-Kamio, A., Nakamura, Y., Lu, F., Cui, X., Cao, X., Kimura, H., Saze, H., and Kakutani, T. (2010). Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome. EMBO J 20;29(20), 3496-506.

Nakao, M., Okamoto, S., Kohara, M., Fujishiro, T., Fujisawa, T., Sato, S., Tabata, S., Kaneko, T., and Nakamura, Y. (2010). CyanoBase: the cyanobacteria genome database update 2010. Nucleic Acids Res. 38 (Database issue), D379-381.

Kaminuma, E., Mashima, J., Kodama, Y., Gojobori, T., Ogasawara, O., Okubo, K., Takagi, T., and Nakamura, Y. (2010). DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data. Nucleic Acids Res. 38 (Database issue), D33-38.

Hakoyama, T., Niimi, K., Watanabe, H., Tabata, R., Matsubara, J., Sato, S., Nakamura, Y., Tabata, S., Jichun, L., Matsumoto, T., Tatsumi, K., Nomura, M., Tajima, S., Ishizaka, M., Yano, K., Imaizumi-Anraku, H., Kawaguchi, M., Kouchi, H., and Suganuma N. (2009). Host plant genome overcomes the lack of a bacterial gene for symbiotic nitrogen fixation. Nature 462, 514-517.


教　授中村　保一 yanakamu	助　教神沼　英里　 ekaminum

[文部科学省]