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系統情報研究室・山崎研究室

遺伝資源情報データベースの構築
准教授         山崎 由紀子       yyamazak 
研究室URL :  http://www.shigen.nig.ac.jp
  生物科学の成果は膨大なテキスト情報として蓄積されているほか、近年ではゲノムプロジェクトなどに代表される大型プロジェクトから大量データがオンライン公開されるようになり、コンピュータを駆使すると一人の研究者が膨大な量の情報を扱えるようになりました。しかし情報量の増加が必ずしも得られる知識の量の増加にはつながりませんし、意味のある情報の抽出には工夫が必要です。 最近「概念の構造化(=オントロジー)」という考え方が生物情報科学の分野でも使われるようになりました。実験系や材料、学問の背景などが異なるためそのままでは同じ土俵で比較できない情報を、様々な概念レベルで整理して有効に利用しようという考え方です。
  当研究室では遺伝資源情報データバンク研究事業(SHIGEN)を1998年より推進していますが、遺伝資源情報の整理にこの方法を応用し、生物種によってバラバラに記載されている情報を統合的かつ様々な視点から生物種横断的に利用できるようなシステムを開発しています。2002年からはナショナルバイオリソースプロジェクト(NBRP)の情報センターとしても活動をしています。

ナショナルバイオリソースプロジェクト 総合検索サイト(BRW)- 約550万件の全リソースをkeyword, sequence, gene ontology, referenceなどで検索することができる。

Saito, T., Ariizumi, T., Okabe, Y., Asamizu, E., Tanase, K., Yamazaki, Y., Fukuda, N., Aoki, K. and Ezura, H.(2011). "TOMATOMA": A Novel Tomato Mutant Database Distributing Micro-Tom Mutant Collections. Plant and Cell Physiology. 52(2), 283-296. 

Yamazaki, Y., Sakaniwa, S., Tsuchiya, R., Nonomura, K. and Kurata, N. (2010). Oryzabase: an integrated information resource for rice science. Breeding Science, 60, 544-548. 

Kurata, N., Satoh, H., Kitano, H., Nagato, Y., Endo, T., Sato, K., Akashi, R., Ezura, H., Kusaba, M., Kobayashi, M., Nitasaka, E., Kasai, R., Yamazaki, Y., and Yoshimura, A., (2010). NBRP, National Bioresource Project of Japan and plant bioresource management. Breeding Science, 60, 461-468.

Yamazaki, Y., Akashi, R., Banno, Y., Endo, T., Ezura, H., Fukami- Kobayashi, K., Inaba, K., Isa, T., Kamei, K., Kasai, F., Kobayashi, M., Kurata, N., Kusaba, M., Matuzawa, T., Mitani, S., Nakamura, T., Nakamura, Y., Nakatsuji, N., Naruse, K., Niki, H., Nitasaka, E., Obata, Y., Okamoto, H., Okuma, M., Sato, K., Serikawa, T., Shiroishi, T., Sugawara, H., Urushibara, H., Yamamoto, M., Yaoita, Y., Yoshiki, A. and Kohara, Y. (2010). NBRP databases: databases of biological resources in Japan . Nucleic Acid Res. 38, D26-D32. 

Yamazaki, Y. and Sugawara, H. (2009) National BioResource Project Information Center. Exp. Anim. 58(2), 75-84.
 
准教授
山崎 由紀子
yyamazak