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遺伝子発現解析研究室・大久保研究室

ゲノムワイドな測定からの知識発見

教　授 大久保　公策 kokubo
助　教 小笠原　理 oogasawa

1. データおよび知識の統合に関する研究
　今世紀の科学は生命科学に限らず複雑な現象のデジタル観測に始まる発見科学です。デジタル化された膨大な文献も一種のデータです。データの多角的組み合わせによる発見のためにはデータを自在に組み合わせる統合が必要になります。データ統合は研究室を超えて行われるため、統合には意味上、形式上、社会制度上の課題が存在します。DDBJおよび統合データベースセンターの運営に参加しながら、実際の統合に際して生じる問題に側面を限定せずに取り組み、その解決法や再利用可能な資源を作っています。

2．遺伝子発現の進化モデルの構築
　遺伝子発現の進化は形態進化と分子進化をつなぐための１つの鍵と考えられています。ゲノムワイドな発現プロファイルの測定法の普及により、その進化的変化の研究が盛んとなりましたが観測結果の解釈についてはまちまちでした。その理由は遺伝子発現進化の明確なモデルが存在せず、配列の分子進化のアナロジーを用いて解釈が行われていたためと考えられます。そこで我々はこれまでの観察を統一的に説明する遺伝子発現進化のモデルの構築を行っています。

URL
http://lifesciencedb.jp/ddbj/
http://lifesciencedb.jp/cc/
http://lifesciencedb.jp/ag/

DNAデータベース(DDBJ/EMBL/GenBank)総覧と検索. DNAデータベースを研究プロジェクト単位で閲覧・検索することができる。

Kaminuma, E., Kosuge, T., Kodama, Y., Aono, H., Mashima, J., Gojobori, T., Sugawara, H., Ogasawara, O., Takagi, T., Okubo, K., and Nakamura, Y. (2011).
Nucleic Acids Res. 39(Database issue),D22-27.

Ogasawara, O., and Okubo, K. (2009). On theoretical models of gene expression evolution with random genetic drift and natural selection. PLoS One. 4, e7943.

Kaminuma, E., Mashima, J., Kodama, Y., Gojobori, T., Ogasawara, O., Okubo, K., Takagi, T., and Nakamura, Y. (2010). DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data. Nucleic Acids Res. 38(Database issue), D33-38.

Sugawara, H., Ogasawara, O., Okubo, K., Gojobori, T., and Tatetno, Y. (2008). DDBJ with new system and face. Nucleic Acids Res. 36(Database issue), D22-24.

Hoshino, H., Uchida, T., Otsuki, T., Kawamoto, S., Okubo, K., Takeichi, M., and Chisaka, O. (2007). Cornichon-like Protein Facilitates Secretion of HB-EGF and Regulates Proper Development of Cranial Nerves. Mol. Biol. Cell. 18, D1143-1152

Ogasawara, O., Otsuji, M., Watanabe, K., Iizuka, T., Tamura, T., Hishiki, T., Kawamoto, S., and Okubo, K. (2006). BodyMap-Xs: Anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. Nucleic Acid Res. 34(Database issue), D628-D631.


教　授大久保　公策 kokubo	助　教小笠原　理　 oogasawa

[文部科学省]