どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして新たな環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオ科魚類をモデルとして用いながら迫ります。
　トゲウオ科魚類は、わずか数百万年の間に適応放散を遂げたことから、進化研究の格好のモデル系です。生態学、生理学、ゲノミックスなどの種々の手法を統合して以下の研究を行っています。
●種分化のメカニズム
　近縁種間の交雑を妨げる生殖隔離機構の進化機構の解明を目指します。
●適応進化と表現型可塑性のメカニズム
　新規環境への適応進化、及び、可塑的変化の分子遺伝機構について追求します。
●人為的急速進化のメカニズム
　人為的な環境改変が生物の進化に与える影響について、生息環境が改変させられた集団や異なる環境へ移植された集団を用いて解明します。

(A) 日本に生息するイトヨ二型。(B) 氷河期の地理的隔離が二型の種分化に関わっていると考えられている。現在、北海道東部で２型は同所に存在する。(C) 日本海オスではY染色体（連鎖群１９）と連鎖群９が融合している。