本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指して、細菌やウイルス、動物を材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を行っています。近年は特に(1) 次世代シーケンサーから得られた配列情報の解析および解析技法の開発、(2) 中枢神経系や感覚器の進化に伴う遺伝子発現変化の解明を中心に、以下の研究を進めております。
● 蛋白質の翻訳開始機構の比較ゲノム解析
● 胎盤形成に関与する内在性レトロウイルス領域の転写産物大規模解析
● 次世代シーケンサーを用いたウニ幼生神経系の遺伝子発現解析
● 渦鞭毛藻ワルノビアのもつオセルス型眼点の進化的起源
● 機械感覚受容器発生メカニズムの進化的獲得機構
● 神経系におけるgap junctionの働きとその進化的起源
● 動物の眼の進化−刺胞動物クラゲの眼の例
● セルイノベーションプロジェクトでの情報プラットホームの構築

真正細菌の系統樹に、各生物種のシャイン・ダルガーノ（SD）配列を持つ遺伝子の割合（dR_SD）を示した。原核生物の翻訳開始にはmRNA上のSD配列（GGAGG）が用いられると考えられてきたが、種によってはこの配列を持たない遺伝子が数多く存在し、原核生物内で多様な翻訳開始機構があることが推測された。