遺伝情報分析研究室・池尾研究室

ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

教員



Research Summary

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や細菌などを材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を用いた様々な研究を行っています。特に(1)メタゲノム解析を用いた微生物の多様性と環境ダイナミクスの解明、(2)中枢神経系や感覚器の起源と進化に伴う遺伝子ネットワーク変化の解明、(3)ヒドラ‒緑藻間の細胞内共生の分子機構の解明とその進化的意義、(4)データ解析による疾患原因遺伝子の探索と疾患モデルの構築、(5)情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注いで研究を行っております。

2種の刺胞動物におけるpaxBsix1/2 の発現。(左)ミズクラゲ、(右)エダアシクラゲ、Ocelli:眼点。ミズクラゲはカップ眼、エダアシクラゲはレンズ眼を持つ。pax6paxB)は動物全般において眼の形成を司るマスター遺伝子であるが、刺胞動物においてはsix1/2 がより眼の近傍に発現しており、眼形成において重要な役割を果たしている可能性がある。

Publications

Shenton, M., Iwamoto, C., Kurata, N., and Ikeo, K. (2016). Effect of wild and cultivated rice genotypes on rhizosphere bacterial community composition. Rice (N Y) 9, 42.

Ishikawa, M., Yuyama, I., Shimizu, H., Nozawa, M., and Ikeo, K., and Gojobori, T. (2016). Different endosymbiotic interactions in two hydra species reflect the evolutionary history of endosymbiosis. Genome Biol Evol 8, 2155-2163.

Gojobori, T., Ikeo, K., Katayama, Y., Kawabata, T., Kinjo, A.R., Kinoshita, K., Kwon, Y., Migita, O., Mizutani, H., Muraoka, M., Nagata, K., Omori, S., Sugawara, H., Yamada, D., and Yura, K. (2016). VaProS: a database-integration approach for protein/genome information retrieval. J Struct Funct Genomics 17, 69-81.