シラバス (Syllabus)

システム生物学特論 (Systems Biology)


===== Japanese Version =====

1.授業科目と単位:次世代志向境界領域 I〜V システム生物学特論
(x)講義 ( )演習 ( )実習  0.5単位

2.履修対象者:(x)D1,(x) D2, (x)D3, (x)D4, (x)D5:
(x)生命科学研究科, (x)総研大の全研究科, その他(  )

3.授業担当教員:
  担当教員との連絡(e-mail、電話、FAX、研究室):
 教授 小原 雄治 (ykohara@lab.nig.ac.jp, 電話 055-981-6700, 国立遺伝学研究所A218)
 特任准教授 豊田敦 (atoyoda@lab.nig.ac.jp, 電話 055-981-6788, 国立遺伝学研究所A228)
 助教 安達佳樹(yandachi@lab.nig.ac.jp, 電話 055-981-6860, 国立遺伝学研究所C703)
 准教授 木村暁(akkimura@lab.nig.ac.jp, 電話 055-981-5854, 国立遺伝学研究所A321)
 教授 高木利久(takagi@dbcls.rois.ac.jp, 電話 055-981-5821, 国立遺伝学研究所W406)
  質問はe-mail かe-mailで調整した時間の面談を歓迎。

4.授業実施期日時間:(対面講義)月曜日 10:50-12:30

5.授業実施場所:(対面講義)国立遺伝学研究所図書館3Fセミナー室

6.履修条件、受講方法:
分子細胞生物学Iまたはそれに対応する知識を持っていることが望ましいが必須ではない。

7.授業内容の概要:
ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム等の網羅的方法を通して、細胞の生理や発生・分化などの生命現象の成り立ち、調節ネットワーク、生物の多様性に向かうシステム生物学を概論する。さらに、コンピュータシミュレーション、データベース構築、知識抽出について概論する。

8.授業の達成目標:
1)システム生物学の歴史的背景、めざすところを理解する。
2)システム生物学のためのデータ取得のための特有の手法、問題点を理解する。
3)システム生物学からの知識抽出の手法、問題点を理解する。

9.授業計画:(対面講義)
  日程内容
第1回  6月14日

小原雄治/豊田敦:

システム生物学概論、オミックスデータの取得技術
第2回  6月21日 安達佳樹/小原雄治: RNAによる遺伝子機能制御システム
第3回  6月28日 木村暁: システム生物学に向けたコンピュータシミュレーション
第4回  7月  5日 高木利久: システム生物学に向けたデータベース構築と知識抽出
  留学生の受講生が1名以上いれば英語で講義する。

10.使用参考書、参考文献:講義の前に紹介する。

11.単位修得要件と成績評価基準:
達成目標1〜3のうち1点以上について調査あるいは見解をレポートにて期限までに提出した受講者のうち、要点を理解していると判定されたものに単位を認定する。成績は可否で示される。

12.その他のコメント:特になし


===== English Version =====

1.Course Title, style, and credit: Perspective of Frontiers I-V
Systems Biology:Towards system-level understanding of life
(x)lecture, ( ) Discussions ( )practice 0.5 credit

2.Appropriate grade level and Eligible Departments: (x)1, (x)2, (x)3, (x)4, (x)5:
(x)School of Life Science, (x) All Departments, ( ) Other ( )  )

3.Lecturer(s):
  Contacts to the lecturer (e-mail address, Tel and Fax numbers, and the office):
 Yuji KOHARA (ykohara@lab.nig.ac.jp, TEL: 055-981-6700, Room A218)
 Atsushi TOYODA (atoyoda@lab.nig.ac.jp, TEL: 055-981-6788, Room A228)
 Yoshiki ANDACHI (yandachi@lab.nig.ac.jp, EEL: 055-981-6860, Room C703)
 Akatsuki KIMURA (akkimura@lab.nig.ac.jp, TEL: 055-981-5854, Room A321)
 Toshihisa TAKAGI (takagi@dbcls.rois.ac.jp, TEL: 055-981-5821, Room W406)
  The first contact and submission of the paper by e-mail are most welcome.

4.Time: (oral) 10:50-12:30 on Monday

5.Place: (oral) 3F seminar room of the library in National Institute of genetics

6.Prerequisites and Styles:
It is desirable to have the basic knowledge corresponding to the lecture of Molecular and Cellular Biology I, but it is not essential.

7.Contents:
We lecture on system-level studies of various biological phenomena including cellular proliferation, development and differentiation, gene expression network, evolution and biodiversity through so-called 'omics' approaches (systematic analyses of genome, transcriptome, proteome, metabolome, etc.). Our lecture is extended to the basis of the construction of biological databases for 'omics'.

8.Course objectives:
1) To understand the historical background and its aim of systems biology
2) To understand the methods and their problems of data acquisition for systems biology
3) To understand the methods for knowledge extraction from systems biology and their problems

9.Schedule: (Oral)
  Date [lecturers if omnibus]Topic
1. June 14: Yuji Kohara & Atsushi Toyoda: Overview of systems biology and the 'omics' approaches.
2. June 21: Yoshiki Andach & Yuji Kohara:

On the gene regulation systems by small RNAs

3. June 28: Akatsuki Kimura: On the computer simulation in systems biology.
4.July 5: Toshihsa Takagi:

Construction of biological databases and knowledge extraction.

10.Lecture materials and readings: To be announced.

11.Grades:
The grades will be either “passed” or “failed”, which is determined by the quality of the paper, which must be submitted to the lecturer by the provided deadline. The subject(s) of the paper must be one of the three important aspects that are presented in the above Course Objectives.

12.Notes:None


更新日=2010年 4月12日