2012年度シラバス (Syllabus 2012)

ゲノム生物学（動物） Genome Biology (Animal)

===== Japanese Version =====

１． 授業科目と単位：次世代志向境界領域 I〜V　ゲノム生物学（動物）
　 (x)講義 ( )演習 ( )実習　　0.5単位

２． 履修対象者：(x)D1,(x) D2, (x)D3, (x)D4, (x)D5:
　 (x)生命科学研究科, (x)総研大の全研究科, その他（　　）　

３．授業担当教員：
　 担当教員との連絡（e-mail、電話、FAX、研究室）：
（科目責任者）　教授　城石俊彦（E-mail: tshirois@nig.ac.jp, TEL: 055-981-6818, FAX: 055-981-6817,
　　　研究室：国立遺伝学研究所系統生物研究センター117室）
　 教授　上田　龍（E-mail: rueda@nig.ac.jp, TEL: 055-981-6823, FAX: 055-981-6825,
　　　研究室：国立遺伝学研究所系統生物研究センター205室）
　 教授　斎藤成也（E-mail: saitounr@nig.ac.jp, TEL: 055-981-6790, FAX: 055-981-6789,
　　　研究室：国立遺伝学研究所研究本館204-2室）
　 教授　井ノ上逸朗（E-mail: itinoue@nig.ac.jp, TEL: 055-981-6795, FAX: 055-981-6800,
　　　研究室：国立遺伝学研究所研究実験棟5階　東）

４．授業実施期日時間：（対面講義）月曜日10:50-12:30

５．授業実施場所：（対面講義）国立遺伝学研究所図書館2Fセミナー室(B202)　 (図書館3Fセミナー室のシステム不具合の為）
　 又は事前に通知された部屋。

６．履修条件、受講方法：
　 基礎遺伝学、分子生物学の基本的概念を持っていることが望ましいが、絶対条件では無い。

７．授業内容の概要：
　ゲノム科学は、膨大なゲノム配列解ゲノム科学は、膨大なゲノム配列解読情報を出発点としてゲノム上に記述された生命機能のシステマティックな解明に向かっている。この講義では、ショウジョウバエ、マウス、霊長類等のゲノム配列解読からゲノム進化の道筋を概説する。また、比較ゲノムによるゲノム上の機能ユニットの探索やその解析法、ゲノム多型解析や突然変異体作製などのゲノム機能を解析するための様々な方法論について概説し、具体的な研究例を上げてその理解を促す。最後に、ヒトゲノムでは変異が網羅されており、病気との関連について最新の情報を提供する。

８．授業の達成目標：

  1. ショウジョウバエについてゲノム機能解析の現状と戦略を理解する
  2. ゲノム情報から実験用マウス系統の起源とゲノム機能解析の方法論を理解する
  3. ゲノム配列の比較を中心とする進化ゲノム学の概要を理解する
  4. ヒトの病気とゲノム変異との関連について理解する

９．授業計画：（対面講義）

  日程担当者内容　
第１回 　６月１８日（月） 上田ショウジョウバエのゲノム情報と機能解析の実際
第２回 　７月２３日（月） 城石 マウスのゲノム機能解析
第３回 　９月　３日（月） 斎藤ゲノム進化のメカニズム
第４回 　９月１０日（月） 井ノ上 ゲノム医学の最前線

１０．使用参考書、参考文献

  1. Lee Silver, Mouse Genetics: Concept and Application, Oxford University Press, 1995
  2. 斎藤成也『進化ゲノム学入門』共立出版（2007）
  3. 理研ゲノム機能情報研究グループ編『マウス表現型解析プロトコール』
  4. Saitou N., "Evolutionary Genomics", sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/に公開予定 (英語、準備中)

１１．単位修得要件と成績評価基準：
　 ４回の講義の内最低３回出席し、講義中の質問や議論から判断して授業の達成目標の内３つ以上を理解したと思われる者をA､B又はC（合格）とする。

１２．その他のコメント： なし


===== English Version =====

Syllabus 2012

Genome Biology (Animal)


１．Course Title, style, and credit: Perspective of Frontiers I-V　Genome Biology (Animal)
(x)Lecture, (x) Discussions ( )Practice　 0.5 credit

２．Appropriate grade level and Eligible Departments: (x)1, (x)2, (x)3, (x)4, (x)5:
(x)School of Life Science，
(x) All Departments，
( ) Other ( )

３．Lecturer(s):
Contacts to the lecturer (e-mail address, Tel and Fax numbers, and the office):
　 Professor Shiroishi T. (E-mail: tshirois@nig.ac.jp, Tel: 055-981-6818, Fax: 055-981-6817,
　　　Office: Genetic Strains Research Center Building Rm117, National Institute of Genetics)
　Professor Ueda R. (E-mail: rueda@nig.ac.jp, Tel: 055-981-6823, Fax: 055-981-6825,
　　　Office: Genetic Strains Research Center Building Rm205, National Institute of Genetics )
　Professor Saitou N. (E-mail: saitounr@nig.ac.jp, Tel: 055-981-6790, Fax: 055-981-6789,
　　　Office: Saitou Laboratory, Division of Population Genetics, National Institute of Genetics)
　Professor Inoue I. (E-mail: itinoue@nig.ac.jp, Tel: 055-981-6795, Fax: 055-981-6800,
　　　Office: Laboratory Building 5F East, National Institute of Genetics)

４．Time: (oral) 10:50-12:30 on Monday

５．Place: (oral) 2F seminar room of the library in National Institute of genetics

６．Prerequisites and Styles：
Familiarity with basic concepts of Genetics and Molecular Genetics is preferable, but is not de rigueur.

７．Contents:
The next challenge of Genome Science is to elucidate biological functions based upon vast amount of information of genome sequences. Firstly this lecture course will review genome evolution of fruit fly, mouse and primates. Secondary students will learn how to extract functional units in genome sequences by means of Comparative Genomics. This course will also illustrate methodologies, including SNP analysis and mutagenesis, and their implementation to study genome functions. Finally relationships between genetic variants and human diseases are discussed and rapid progress of medical genomics using next generation sequencer is introduced.

８．Course objectives:

  1. To understand genome evolution from aspects of vast amount of genome sequences information
  2. To learn how to extract functional units in genome sequences by means of comparative genomics
  3. To learn various methods of nucleotide polymorphism analysis and mutagenesis for elucidation of genome functions
  4. To learn about relationship between human diseases and variants and its mechanism

９．Schedule: (Oral)

Date [lecturers if omnibus]Topic
June 18 Ueda R.Practical use of Drosophila to understand structure and function of the genome
July 23 Shiroishi T. Mouse functional genomics
Sept. 3 Saitou N.Evolutionary mechanisms of animal genomes
Sept. 10 Inoue I. Front line of medical genomics

１０．Lecture materials and readings:

  1. Lee Silver, Mouse Genetics: Concept and Application, Oxford University Press, 1995
  2. Saitou N., “Introduction to Evolutionary Genomics”, Kyoritsu Shuppan (2007) (in Japanese)
  3. RIKEN GSC eds. “Mouse phenotyping protocols”, Saibou-kougaku, Syujyunsya (March 2006) (in Japanese)
  4. Saitou N., “Evolutionary Genomics”, to appear in sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/ (in English, in preparation)

１１．Grades:

To obtain credit, students must attend more than three of the four classes. Grades (A, B, C, or D) will be determined by the extent of understanding of lecture contents, judging by questions from students and enthusiasm in discussion in the class. Understanding more than three items of the course objectives is required to pass the course.

１２．Notes：None



更新日＝2012年 11月 5日