===== Japanese Version =====
1. 授業科目と単位:バイオインフォマティクス概論
(x)講義 ( )演習 ( )実習 1単位2. 履修対象者:(x)D1,(x) D2, (x)D3, ( )D4, ( )D5:
(x)生命科学研究科, (x)総研大の全研究科, その他( )3.授業担当教員:
担当教員との連絡(e-mail、電話、FAX、研究室):
【科目責任者】
斎藤 成也 教授
(電話055-981-6790 FAX055-981-6789 saitounr@lab.nig.ac.jp Office A204)
五條堀 孝 教授
(電話055-981-6847 FAX055-981-6848 tgojobor@genes.nig.ac.jp Office W504)
池尾 一穂 准教授
(電話055-981-6851 FAX055-981-6848 kikeo@genes.nig.ac.jp Office W509)
小原 雄治 専攻長
(電話055-981-6700 FAX055-981-6701 ykohara@lab.nig.ac.jp Office A220)
山崎 由紀子 准教授
(電話055-981-6885 FAX055-981-6886 yyamazak@lab.nig.ac.jp Office R405)
講義に関する質問は,この講義の一環と考え,歓迎する。質問は,その内容により,各講師または科目責任者にe-mail等でたずねること。オフィスアワーは設定していないので,講師または科目責任者に会って面談をしたい場合は,本人に直接e-mail等で連絡を取り,日時を相談してほしい。4.授業実施期日時間:非同期e-learningなので、特に制限はない。
5.授業実施場所:(非同期e-learning)
遺伝学専攻 URL : http://nigwwwi.nig.ac.jp/local/jimu/soken/courses/e_learning/bioinformatics/
基礎生物学専攻 URL 未定
生理科学専攻 URL 未定
生命科学研究科以外の専攻 URL : http://www.soken.ac.jp/e-learning/e-learning.html
6.履修条件、受講方法:
分子生物学の基礎があり,またコンピュータ言語の基礎知識があることが望ましい。
教材は基本的には英語で作成されているが,一部の講師は日本語で講義を行っている。
ウェブ形式なので,各自が使っているウェブブラウザーを立ち上げて,見ること。7.授業内容の概要:
バイオインフォマティクス(あるいは生命情報学)は,コンピュータを用いた生物分野の大規模データ解析技法の総称である。その基礎について,特に分子進化学的解析を中心とした講演ビデオを参考にしつつ,インターネットを駆使して自分でいろいろなデータベースを探して検索したり解析したりする。8.授業の達成目標:
バイオインフォマティクスの基礎を習得し、基本的な課題について、原論文や総説を探して読み、正しく理解し、レポートにまとめることができるようになる。9.授業計画:(対面講義)
第0章〜第8章から構成されるが,同時に6名の講師のビデオがあり,それらは有機的に校正されている。10.使用参考書、参考文献:
E-learningのウェブサイトで紹介している11.単位修得要件と成績評価基準:
夏学期:8月31日
冬学期:2月15日
(締切り日に変更がある場合は、改めて連絡する)12.その他のコメント:
なし
===== English Version =====
1.Course Title, style, and credit: Bioinformatics
e-learning lecture, 1 credits2.Appropriate grade level and Eligible Departments: (x)1, (x)2, (x)3, ( )4, ( )5:
(x) School of Life Science, (x) All Departments, ( ) Other ( )3.A. Responsible Faculty: Saitou, Naruya
3.B. Lecturer(s):
Contacts to the lecturer (e-mail address, Tel and Fax numbers (055-981-xxxx), and the office):
Faculty in charge of this lecture
Saitou, Naruya (Professor) Email saitounr@lab.nig.ac.jp Tel 6790 Fax 6789 Office A204
Lecturer
Gojobori, Takashi (Professor) Email tgojobor@genes.nig.ac.jp Tel 6847 Fax 6848 Office W504
Ikeo, Kazuho (Associate Professor) Email kikeo@genes.nig.ac.jp Tel 6851 Fax 6848 Office W509
Kohara Yuji (Professor) Email ykohara@lab.nig.ac.jp Tel 6700 Fax 6701 Office A220
Yamazaki Yukiko (Associate Professor) Email yyamazak@lab.nig.ac.jp Tel 6885 Fax 6886 Office R405
Contact to each lecturer should be first tried via email.4.Time: Not specified because it is e-learning course.
5.Place: Website locations are as follows;
Department of Genetics: http://nigwwwi.nig.ac.jp/local/jimu/soken/courses/e_learning/bioinformatics/index.html
Department of Basic Biology: To be announced
Department of Physiology: To be announced
Other departments: http://www.soken.ac.jp/e-learning/e-learning.html6.Prerequisites and Styles:
Familiarity with basic concepts of molecular biology and those of computer programming is recommended.7.Contents:
This course will introduce basic principles and concepts of bioinformatics using web-based e-learning system. Each lecturer gives lecture(s) on one's speciality, and students are expected to hear all of them. This course will be conducted mainly in English.8.Course objectives:
To understand basic disciplines of bioinformatics. To become familiar with some bioinformatic tools such as homology search, multiple alignment, phylogenetic tree construction, and text mining.9.Schedule:
None (because this is e-learning course)10.Lecture materials and readings;
To be provided through web11.Grades:
To obtain credit one must hear all lectures and should answer at least two assignments. Grades (Pass/Fail) will be determined based on the report on assignments.
Reports should be submitted to Saitou at saitounr@lab.nig.ac.jp by August 31st for Summer semester and February 15th for Winter semester.12.Notes:None