シラバス (Syllabus)

バイオインフォマティクス概論 (Bioinformatics)


===== Japanese Version =====

1. 授業科目と単位:バイオインフォマティクス概論
(x)講義 ( )演習 ( )実習  1単位

2. 履修対象者:(x)D1,(x) D2, (x)D3, ( )D4, ( )D5:
(x)生命科学研究科, (x)総研大の全研究科, その他(  ) 

3.授業担当教員:
担当教員との連絡(e-mail、電話、FAX、研究室):
【科目責任者】
 斎藤 成也 教授
    (電話055-981-6790 FAX055-981-6789 saitounr@lab.nig.ac.jp Office A204)

 五條堀 孝 教授
    (電話055-981-6847 FAX055-981-6848 tgojobor@genes.nig.ac.jp Office W504)
 池尾 一穂 准教授
    (電話055-981-6851 FAX055-981-6848 kikeo@genes.nig.ac.jp Office W509)
 小原 雄治 専攻長
    (電話055-981-6700 FAX055-981-6701 ykohara@lab.nig.ac.jp Office A220)
 山崎 由紀子 准教授
    (電話055-981-6885 FAX055-981-6886 yyamazak@lab.nig.ac.jp Office R405)
 講義に関する質問は,この講義の一環と考え,歓迎する。質問は,その内容により,各講師または科目責任者にe-mail等でたずねること。オフィスアワーは設定していないので,講師または科目責任者に会って面談をしたい場合は,本人に直接e-mail等で連絡を取り,日時を相談してほしい。

4.授業実施期日時間:非同期e-learningなので、特に制限はない。

5.授業実施場所:(非同期e-learning)
遺伝学専攻 URL : http://nigwwwi.nig.ac.jp/local/jimu/soken/courses/e_learning/bioinformatics/
基礎生物学専攻 URL 未定
生理科学専攻  URL 未定
生命科学研究科以外の専攻  URL : http://www.soken.ac.jp/e-learning/e-learning.html

6.履修条件、受講方法:
分子生物学の基礎があり,またコンピュータ言語の基礎知識があることが望ましい。
教材は基本的には英語で作成されているが,一部の講師は日本語で講義を行っている。

ウェブ形式なので,各自が使っているウェブブラウザーを立ち上げて,見ること。

7.授業内容の概要:
バイオインフォマティクス(あるいは生命情報学)は,コンピュータを用いた生物分野の大規模データ解析技法の総称である。その基礎について,特に分子進化学的解析を中心とした講演ビデオを参考にしつつ,インターネットを駆使して自分でいろいろなデータベースを探して検索したり解析したりする。

8.授業の達成目標:
バイオインフォマティクスの基礎を習得し、基本的な課題について、原論文や総説を探して読み、正しく理解し、レポートにまとめることができるようになる。

9.授業計画:(対面講義)
第0章〜第8章から構成されるが,同時に6名の講師のビデオがあり,それらは有機的に校正されている。

10.使用参考書、参考文献:
E-learningのウェブサイトで紹介している

11.単位修得要件と成績評価基準:
夏学期:8月31日
冬学期:2月15日
(締切り日に変更がある場合は、改めて連絡する)

12.その他のコメント:
なし


===== English Version =====

1.Course Title, style, and credit: Bioinformatics
e-learning lecture, 1 credits

2.Appropriate grade level and Eligible Departments: (x)1, (x)2, (x)3, ( )4, ( )5:
(x) School of Life Science, (x) All Departments, ( ) Other ( )

3.A. Responsible Faculty: Saitou, Naruya

3.B. Lecturer(s):

Contacts to the lecturer (e-mail address, Tel and Fax numbers (055-981-xxxx), and the office):
Faculty in charge of this lecture
Saitou, Naruya (Professor)  Email saitounr@lab.nig.ac.jp  Tel 6790 Fax 6789  Office A204
Lecturer
Gojobori, Takashi (Professor)   Email tgojobor@genes.nig.ac.jp   Tel 6847 Fax 6848 Office W504
Ikeo, Kazuho (Associate Professor)  Email kikeo@genes.nig.ac.jp  Tel 6851 Fax 6848 Office W509
Kohara Yuji (Professor)  Email ykohara@lab.nig.ac.jp  Tel 6700 Fax 6701 Office A220
Yamazaki Yukiko (Associate Professor)  Email yyamazak@lab.nig.ac.jp  Tel 6885 Fax 6886 Office R405
Contact to each lecturer should be first tried via email.

4.Time: Not specified because it is e-learning course.

5.Place: Website locations are as follows;
Department of Genetics: http://nigwwwi.nig.ac.jp/local/jimu/soken/courses/e_learning/bioinformatics/index.html
Department of Basic Biology: To be announced

Department of Physiology: To be announced
Other departments: http://www.soken.ac.jp/e-learning/e-learning.html

6.Prerequisites and Styles:
Familiarity with basic concepts of molecular biology and those of computer programming is recommended.

7.Contents:
This course will introduce basic principles and concepts of bioinformatics using web-based e-learning system. Each lecturer gives lecture(s) on one's speciality, and students are expected to hear all of them. This course will be conducted mainly in English.

8.Course objectives:
To understand basic disciplines of bioinformatics. To become familiar with some bioinformatic tools such as homology search, multiple alignment, phylogenetic tree construction, and text mining.

9.Schedule:
None (because this is e-learning course)

10.Lecture materials and readings;
To be provided through web

11.Grades:
To obtain credit one must hear all lectures and should answer at least two assignments. Grades (Pass/Fail) will be determined based on the report on assignments.
Reports should be submitted to Saitou at saitounr@lab.nig.ac.jp by August 31st for Summer semester and February 15th for Winter semester.

12.Notes:None




更新日=2012年4月20日